故事舞台發生在未來的日本東京，日本政府為了應對「NOISE」造成的災害，編列了「特異災害對策激動部二課」，並擁有「Symphogear 系統（シンフォギアシステム）」。  

    Symphogear 系統是唯一能有效退抗 NOISE 的裝備，在檯面下有兩位少女為了保護人們而戰，她們同時為流行樂壇的雙人組合：「天羽奏」與「風鳴翼」。

    「立花響」和「小日向未來」，因為憧憬著歌手而將在這個春天將開始進入音樂學校就讀，但此時兩人並未察覺到前方的命運正在等待著……「覺醒的鼓動」即將到來。