預定2002年12月5日推出的「真女神轉生 NINE」，故事描述在新世紀的未來世界中，由於核爆而導致地上世界崩壞，僥倖逃過一劫的人類們為了生存，不得不避到地下世界生活著。而新的指導者們由於懷念舊世界的繁華，因此以1990年代為基礎製作了一個假想的電腦世界。自此以後，在假想的電腦世界中生活便成了人們的休閒娛樂。
至於玩家所扮演的主角，便是在202X年這樣的世界中在東京出生，並與母親MIEKO、妹妹EMI、好友BARAKI一起平靜地生活著。而故事的起因事件，就發生在以新宿、涉谷、池袋等為範本的假想世界中。當時在電腦空間中由於偶爾會出現的BUG會以惡魔的姿態現身並襲擊其他的使用者，因此而引起眾多的問題產生。而在某一天引起的事件中，主角也意外地被捲入其中......
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