遊戲中，除了一般經驗值之外，還有技能經驗值AP，只要打死怪物就可以取得AP（ Ability Point），AP沒有上限，也不會讓玩家某個技能升級，而是用來學習技能時用的。而玩家的角色能夠學習什麼技能，完全是依照職業的系統來區分，玩家所選擇的職業為何，只要AP足夠，就可以學習該職業的技能，當然也可以忘記已經學會的技能。職業的技能，也向下支援，就是說玩家可以在三轉後，回頭學習你在一轉時的職業技能。但是一個角色可以學習的技能數量有限，玩家必須好好的做規劃。才能讓角色充分發會技能的效果。
技能屬性
技能的屬性，分為攻擊招式技能、法術招式技能、輔助技能，輔助技能又分為兩種，主動性技能和被動性技能。只要有玩過遊戲的玩家都應該很了解，攻擊招式就是直接性的物理攻擊，而法術招式當然就是使用法術啦，剛剛提到輔助技能的部分，分為兩種，基本上，主動技能與被動技能的分別，在於被動技能就是當學習到之後，不需經過使用就會常駐在玩家身上。例如：二轉職業武兵的特殊技能”術法抵抗”就是被動技能，你學習後就算不使用，也會自動產生效果。而主動技能則是要玩者們自行使用才會作用，例如，一轉職業，學徒的特殊技能”金錢攻擊”就是主動技能，需要你再攻擊時使用才會出現效果。
技能與連攜
基本上”連攜攻擊”是M2神甲奇兵的特色之一，而技能跟連攜攻擊有著什麼樣的關係呢?很簡單，就是依照不同的玩家職業，使用不同的技能，在攻擊時成為連攜攻擊的條件。舉例說明，例如某個連攜技能的組合是，需要龍甲士先使用威力展示，然後配合赤劍士的天龍之劍，就會連攜成功，依此類推，越多不同的技能組合，會產生不同的連攜攻擊方式。
重要的是，連攜攻擊是需要同一個隊伍的人使用才會發生。
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