隸屬生化恐怖活動應對組織「BSAA」的克里斯‧雷德費爾，收到線報前往某個武器走私組織據點的神秘洋房。克里斯在探索途中與國際通緝犯的格連‧安里亞斯（グレン‧アリアス）對峙，同時目擊到令人難以置信的一幕，並且失手讓安里亞斯脫逃。另一面，原拉昆市特警隊「S.T.A.R.S.」一員的蕾貝卡‧錢伯斯（レベッカ‧チェンバース），現在以大學教授的身分，經手研究調查「死者復甦、凶暴化」一連串不可思議的事件。但是在投入調查後，她得知了這與「新型病毒」有關，並成功開發出治療解藥。但隨後，研究所卻遭不明人士襲擊，導致蕾貝卡險遭殺害。
遭到襲擊之後，克里斯與蕾貝卡，前往隸屬於直屬美國總統的特務組織「DSO」，同時也是最了解新型病毒關聯事件的人物 - 里昂 ‧ S ‧ 甘迺迪之處。成功碰頭的克里斯與里昂，掌握了安里亞斯的真正目的是 “生化恐怖活動”。為了阻止他的陰謀，一行人前往紐約。
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