在本次的劇情中，東京灣最新而宏偉的建築「Edge of Ocean」即將在舉辦國際高峰會，國內外政商聚集，兩萬兩千名警力高度戒備，不料卻遭人暗中潛伏，策動了一場巨大爆炸事故。事件後找到的犯案證物卻遺留毛利小五郎的指紋，毛利小五郎隨即被警方逮捕，而柯南感受到此事件有一層難以揭開的面紗，開始調查。
此時所屬警察廳秘密組織「零（Zero）」的「安室透」卻阻止柯南參與調查，要證明小五郎清白的機會正漸漸消逝……神秘的安室透被下令執行「極密行動」，背後的主使者到底是誰，是警察廳或許是黑暗組織?腹背受敵的柯南，必須獨自對抗警察和安室透，他會如何脫困？潛伏在角落伺機而動的黑暗組織又有何目的？一切只待引爆那一刻。
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