「如果我變成了壞人,可以原諒我嗎?」少年想要守護少女。如此地,想過。魔術師(御主)與英靈(從者),圍繞著能夠實現一切願望的許願機「聖杯」的戰鬥——「聖杯戰爭」發生後 10 年,冬木市再度開始了戰爭。上一次的「聖杯戰爭」參加者衛宮切嗣的養子·衛宮士郎, 繼承父親的遺志,決定去戰鬥。
士郎的身邊,有著仰慕他的少女——間桐櫻。她每天早晚都去士郎家裡做早餐晚餐,與無依無靠的士郎一同度過溫和的日子。但隨著「聖杯戰爭」的開始,流過冬木市的空氣發生了變化。各地發生殺人事件,不祥的空氣開始流動。士郎決定讓櫻留在自宅。士郎與召喚來的從者·Saber 一同,和魔術師遠坂凜締結同盟,面對「聖杯戰爭」。但這場戰爭卻由於暗中活躍的人們而發生巨大的錯位,開始產生歪曲。