「如果我變成了壞人，可以原諒我嗎？」少年想要守護少女。如此地，想過。魔術師（御主）與英靈（從者），圍繞著能夠實現一切願望的許願機「聖杯」的戰鬥——「聖杯戰爭」發生後 10 年，冬木市再度開始了戰爭。上一次的「聖杯戰爭」參加者衛宮切嗣的養子·衛宮士郎， 繼承父親的遺志，決定去戰鬥。
士郎的身邊，有著仰慕他的少女——間桐櫻。她每天早晚都去士郎家裡做早餐晚餐，與無依無靠的士郎一同度過溫和的日子。但隨著「聖杯戰爭」的開始，流過冬木市的空氣發生了變化。各地發生殺人事件，不祥的空氣開始流動。士郎決定讓櫻留在自宅。士郎與召喚來的從者·Saber 一同，和魔術師遠坂凜締結同盟，面對「聖杯戰爭」。但這場戰爭卻由於暗中活躍的人們而發生巨大的錯位，開始產生歪曲。
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