故事講述在瀕臨滅亡的 2065 年，人類世界遭到異次元生物「NOVA」嚴重入侵，再強的武器都顯無用，為了對抗威脅，成立專門對抗 NOVA 的作戰學校「傑尼提克斯」，他們將 NOVA 的活體組織加工製成「聖痕」，再將這些異次元產物寄宿於少女體內，好讓女孩們在戰鬥時，具有與 NOVA 對抗的力量，這群拚上性命奮戰的少女被人們尊稱為「潘朵拉」，她們擁有超越普通人的體能與特別的防衛武裝，並將自己的聖痕分給較年輕的命定男性「制御者」輔助戰鬥，作為唯一能與 NOVA 對抗的戰士，潘朵拉們將肩負著守護人類與世界的使命而戰。
化身制御者 與潘朵拉一同對抗異次元生物入侵
營運團隊表示，在《結界女王 EX》中，玩家將進入作戰學校「傑尼提克斯」，成為擁有特殊能力「冰結領域」的制御者，與潘朵拉共同對抗 NOVA。遊戲以極具科幻感的劇情設定開展，結合角色養成與策略模擬要素，採回合制指令戰鬥，作戰時潘朵拉將化身為 3D 二頭身的 Q 萌形象，動作相當可愛有趣，在發動角色專有技能時，會切進精美的 2D 插圖與專屬語音。
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