系統介紹「支援者指令」
「支援者指令」是《超級機器人大戰 T》的新創系統，能讓原作中沒有搭乘機器人，沒有參加戰鬥的角色（支援者），於戰鬥地圖為我方部隊帶來各種助益。
各單位的個別指令將顯示「支援者」的項目，供玩家選擇。任何單位都能使用「支援者指令」，使用後也不會結束行動（行動結束後也能使用）。
上圖為選擇「支援者」後顯示的清單。此為我方部隊共享的內容，可從中選擇想使用的「支援者指令」。
使用「支援者指令」將消耗稱為「S-SP（支援者 SP）」的點數。
該點數為我方部隊共用。進入地圖時，會以持有「S-SP」最大值一半的狀態下展開戰鬥，每當自軍回合開始時便會上昇 5 點。
同名指令在 1 回合裡只能使用 1 次。「支援者指令」將隨著劇情的進行一併被登錄至清單上。
系統介紹「TAC 管理」
中場畫面選單中「旁支計畫（サイドプラン）」內的「TAC 管理」，是藉由支付 TacP（TAC 點數＝透過擊墜敵機等管道取得的點數）讓我方全體部隊獲得各種效果。
「TAC 管理」有 0～6 階段的「GRADE」，初期階段「GRADE：0」並沒有任何效果，得從「GRADE：1」起才會發揮效果。
各階段的「GRADE」各有三種效果，可從中擇一。決定效果後就無法變動。
【介紹 GRADE：1 的效果】
【介紹 GRADE：2 的效果】
系統介紹「副指令」
中場畫面選單中「旁支計畫」內的「副指令」，是讓駕駛員實行命令，無需遊玩戰鬥地圖（關卡）就能輕鬆獲得經驗值、資金、擊墜數、TacP 的系統。
前作裡將於下一關戰鬥地圖出擊的駕駛員將無法參與「副指令」，本作則刪除了這種限制（換句話說，不論哪位駕駛員都能參與「副指令」）。另外，一次指令最多能讓 8 位駕駛員參與。
本作於遊玩過程中達成特定條件，就有可能出現能獲得更大效果的「特殊指令（スペシャルオーダー）」。僅有一位駕駛員可參與這個項目。
【特殊指令範例】
系統介紹「技能學習」
「技能學習」是中場畫面選單的其中一個項目，藉由消耗 TacP 生產技能程式（生產駕駛員的特殊技能提升參數），強化駕駛員。
「修習技能」將依照生產的技能程式，讓一位駕駛員學會最多 30 項特殊技能。
前作為了要取得特殊技能，必需得依序解開事先設定的技能路徑（顯示特殊技能開發順序的路徑），本作裡只要持有 Tacp，除了部分技能，都能隨意生產自己喜好的技能程式。
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（C）CLAMP・ST／講談社・TMS（C）サンライズ（C）ジーベック／1998 NADESICO 製作委員会（C）創通・サンライズ（C） 東映アニメーション・ニトロプラス／楽園追放ソサイエティ（C）永井豪・石川賢／ダイナミック企画（C）永井豪／ダイナミック企画・MZ 製作委員会（C）BANDAIVISUAL・FlyingDog・GAINAX（C）松本零士・東急エージェンシー（C）1998 永井豪・石川賢／ダイナミック企画・「真ゲッターロボ」製作委員会（C） 2005 AIC・チームダンチェスター / ガンソードパートナーズ（C）CLAMP・ST／講談社・TMS（C）サンライズ（C）ジーベック／1998 NADESICO 製作委員会（C）創通・サンライズ（C） 東映アニメーション・ニトロプラス／楽園追放ソサイエティ（C）永井豪・石川賢／ダイナミック企画（C）永井豪／ダイナミック企画・MZ 製作委員会（C）BANDAIVISUAL・FlyingDog・GAINAX（C）松本零士・東急エージェンシー（C）1998 永井豪・石川賢／ダイナミック企画・「真ゲッターロボ」製作委員会（C） 2005 AIC・チームダンチェスター / ガンソードパートナーズ
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