進行著國際上禁止的實驗、在暗處支撐著世界科學的秘密研究組織 “DOOR（ドアー）”
十年前在這個組織的地下實驗室進行黑洞生成實驗時發生了事故，之後設施內便召喚出一個名為 “不可思議的國度（不思議の国）”的未知異空間。
事故後，DOOR 埋頭於不可思議國度的隱蔽工作，途中出現多名死者及行蹤不明者，場面混亂不堪。
這時，從外部受雇而來、自稱發明家的 “尼斯農茲博士（ニスノンズ博士）”，發現了對不可思議國度產生耐性的少女們 “愛麗絲（アリス）”
他因此提議 “愛麗絲・編號作戰（アリス・ナンバー作戦）” 計畫派出調查部隊，並成功阻止了這場災難。
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