《
來自深淵 深沉靈魂的黎明》故事描述，這個各角落都被探索殆盡的世界，只剩唯一僅存的祕境——大洞穴「阿比斯」。在這個會延伸到哪裡不得而知，且深不見底的巨大縱向洞穴中，除了棲息著各種奇奇怪怪的生物之外，還藏有現今人類製作不出來的珍貴遺物。
「阿比斯」處處不可思議的景象，讓人們為之著迷，並前仆後繼地前去冒險。於是，數度挑戰這巨洞的冒險家們，後來便被稱為「探窟家」。住在建造於阿比斯邊緣的城鎮「奧斯」的孤兒莉可，夢想著有一天要成為像母親那樣的偉大探窟家，力圖解開阿比斯的謎團。
有一天，莉可母親的白笛被人發現，讓她毅然決定要潛入阿比斯深處。而莉可收留的失憶機器人•雷古為了找回自己的記憶，也決心和她同行。莉可在深界四層遭受穿彈獸的毒素折磨，而救了她的人就是「生骸」娜娜奇。娜娜奇加入後，他們繼續往波多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，遇到一個自稱是普魯修卡的女孩……
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