難易度上除了內建基本的「NORMAL」與更刺激的「HARD」之外，
獲得惡魔之力，卻保持著人類之心的少年
故事始於 200X 年的東京，主角只是一名就讀於都內高中的普通少年。某天早上主角做了一個神秘的夢，醒來後便為了和同班同學新田勇與橘千晶一同探望住院的班導高尾祐子，而前往造訪位在新宿的醫院。
夢中見到的女性，與要探望的祐子老師十分相似⋯⋯
在地點與地點之間來回移動時，是採用古典的大地圖，NPC 也只是用簡單形狀來表示
在大地圖上觸發事件，會得知代代木公園發生了暴動事件，甚至傳聞是惡魔所為
途中路過代代木公園時會拿到遇到神祕記者聖丈二（配音：前田剛），他會交給主角一本靈異雜誌「怪奇月刊」
好不容易來到醫院與同學會合後，醫院裡卻完全沒有人的氣息，簡直令人感到毛骨悚然。當他們在這異常寂靜的醫院裡尋找祐子時，卻發現根據雜誌「怪奇月刊」的內容，這間醫院似乎是某種「不祥之地」。
橘千晶（配音：上田麗奈）是主角的同班同學之一，由於是名門出身的大小姐，自尊心高且個性不服輸
新田勇（配音：江口拓也）也是主角的同班同學，個性輕浮，容易依賴他人。似乎非常崇拜祐子老師
主角在疑似邪教基地的地下一樓搜索，遇到了一名坐在奇妙裝置前的男子，這名男子似乎就是在先前的暴動事件中下落不明的 Cybers 電信集團負責人「冰川」（配音：小野大輔）。冰川召喚出惡魔，欲取主角的性命，此時祐子老師現身阻止了冰川，並叫主角去頂樓找她。
來到頂樓後，祐子老師一臉悲傷的神情對主角表示，這個世界很快就會陷入混沌，也就是「受胎」—— 是人類過去從未經歷過的「世界的轉世」。突然發生的「東京受胎」將世界導引至終結，日本首都被以謎樣光芒為中心包覆起來，變成了異世界。那就是神話・傳說中的存在 ——「惡魔」所居住的世界。
高尾祐子（配音：三森鈴子）是主角、勇以及千晶的班導，相當受到學生們的愛戴。
失去意識的主角，在沉睡中從金髮少年（配音：伊瀨茉莉也）與老婆婆（配音：久保田民繪）手中獲得了今後能生存下去的力量 ——「禍魂」。當主角在醫院病房中獨自醒來時，自己的身體已以「惡魔」的身份重生，成了被稱為「人修羅」的惡魔。在面目全非的「東京」，重生後的少年投身於充滿戰鬥的旅途，編織著「新世界創造」的選擇及矛盾的故事。
「人修羅」在化為魔界的東京與惡魔戰鬥
主角被強行植入「禍魂」後獲得了惡魔的肉體，然而有眾多惡魔會在渦漩界阻礙主角的旅途。因此主角必須要透過鍛鍊來成長，對抗強悍的惡魔，在嚴酷戰鬥中生存下來。由於被捲入這突如其來的巨大異變，主角與其他人走散了，首先要面對的課題，就是要逃出現在所處的醫院。
迷宮、寶箱、鑰匙等，傳統 RPG 的要素一樣不少。
本作所搭載的追擊回合戰鬥不僅被《
女神異聞錄 5 》及其他衍生系統不斷繼承下來，更是 ATLUS 作品的戰鬥系統的原點。只要成功攻擊敵人的弱點，右上的追擊回合圖示就會發光，並且增加 1 次我方行動回數。因此只要巧妙運用弱點，就能夠阻斷敵人的回合且不間斷地行動，如此一來，便有可能趁機一口氣打倒所有敵人。不過，由於敵人也是以相同的條件在與我方戰鬥，因此一個選擇或許就會讓我方全軍覆沒。
雖然沒有自動導航，但是本作有搭載「自動戰鬥」系統，在實力差距懸殊的情況下可以放置碾壓，但初期建議不要這麼做
主角在升級時可以有自行分配能力值的餘地，還能夠藉由變更體內的「禍魂」，獲得能力值獎勵或是能夠遮掩弱點的重要防禦耐性等各式各樣的力量。此外，培育各個禍魂也將會學會更加強力的技能。
若升級時混沌在體內失控，還有可能觸發額外的效果
盤踞於醫院大廳的頭目「佛鈕司」，擊敗牠就能夠走出醫院了！
讓惡魔成為自己的「仲魔」吧！雖然外表不可愛（？）但卻魅力十足！
可與惡魔透過交涉來說服對方成為一起作戰的仲魔、利用惡魔合體將惡魔們融合產生出新惡魔、因主角的選擇使得故事產生變化等，上述遊戲系統可說是整個系列的代名詞。運用交涉、惡魔合體、養成等在強化隊伍上不可或缺的系統，來使役多采多姿、充滿魅力的仲魔，將能更順利地打倒強敵。
在中文化之後能夠看懂惡魔的對話，會發現這些惡魔們意外地可愛？！
能夠讓在戰鬥中遭遇的惡魔敵人成為自己的仲魔，正是本作的一大魅力。在與惡魔遭遇時，可能會被要求交出道具或是魔貨（金錢），也有可能被提問。享受與惡魔之間豐富的對話模式也是遊戲的樂趣之一。此外，交涉不只能讓惡魔成為仲魔，也可以反過來向惡魔要求道具或魔貨。
說服花魅的過程，真是一波三折、千辛萬苦⋯⋯
要是仲魔在戰鬥中獲得經驗值提升等級的話，就能夠學會該惡魔的固有技能。而學會的技能也能夠被透過惡魔合體誕生的新仲魔繼承。此外，等級提升後，也會發生能夠獲得慰勞（？）主角的道具的禮物事件，或是讓學會技能提升威力或降低威力等各種事件。究竟會培育出怎麽樣的仲魔，正是養成時的一大樂趣。
木靈一直看著這邊，結果竟然是要送禮物，心都要融化了
在經過一定次數的升等後，仲魔還有機會「變化」成不同種類的惡魔。有一部份的仲魔，只有透過讓特定的仲魔變化才能取得。但如果對某個仲魔情有獨鐘的話，當然也可以選擇取消變化。
最初的仲魔＜妖精＞皮克希進化了⋯⋯！
最後要介紹的「惡魔合體」是融合仲魔以產生新惡魔的禁忌秘術，能夠在東京各地的「邪教館」進行。惡魔合體不只有將兩隻惡魔合體的作法，還有將第三隻惡魔作為「祭品」，使誕生的惡魔一開始就處於高等級狀態的祭品合體。甚至如果在主角受詛咒的狀態下進行合體的話，也有可能會融合出和平時不同的特殊惡魔。此系統中存在著許多隱藏要素和各式各樣的組合方法，試著摸索看看吧。
如果融合後的新惡魔太強是無法順利合成的，這也是為了防止玩家太早入手「外掛」等級的仲魔
在面目全非的東京，看見殘存與扭曲的人性
走出醫院後，主角終於看到了因東京受胎而產生變化的東京街頭。不但整個世界變成了圓形，大半建築也崩毀化成沙漠，不過還是有不少設施及街道保留了些許樣貌。
曾經活著的人們化為了「思念體」，其中甚至包含曾經打過照面的 NPC，同時主角也已經不再是人類⋯⋯
新宿周邊有著渦漩界裡難得還留有綠色植物的代代木公園。另外，主角們迎來受胎的新宿衛生醫院也位於新宿地區這一帶。因為「東京受胎」且主角已經變成惡魔，所以主角可以跟生活在街道上的許多惡魔們對話，其中也不乏會給予玩家提示，或者是對話內容非常有趣的惡魔。
最初遇到的仲魔皮克希（已進化），在此會流露出貼心可愛的一面
好的，我知道靈泉聖女很辣了⋯⋯！
澀谷車站前廣場與地下街等地還殘留著東京受胎前的些許容貌。眾多惡魔聚集此地，甚至能看到惡魔們如往日般地在站前銅像等待會合的模樣。在澀谷的地下街也有許多各具功能的商店，其中包括了先前介紹過，可以執行「惡魔合體」的邪教館。
因為以 200X 年為舞台，澀谷街頭的模樣還保留著多年前的印象
對不起，佛鈕司已經不會來了⋯⋯
也有會貼心提示的惡魔
額外的對話事件也非常有意思
在這裡的地下迪斯可舞廳，主角會遇到在東京受胎時存活下來的橘千晶，她正對變化的世界感到痛苦且困惑⋯⋯
在澀谷經過一段劇情後，在此重逢的聖會告訴主角有關空間傳送裝置以及「阿瑪拉經絡」的事。「阿瑪拉經絡」存在於與渦漩界不同的地方，是如迴廊般的謎樣空間。大量的惡魔力量之源 —— 禍靈在此處對流著，因此也有惡魔為了得到禍靈而潛入此處。主角在聖的導引下走出「阿瑪拉經絡」後，在前方等待著他的是⋯⋯
因發生東京受胎而崩壞的東京，變化成惡魔充斥的「渦漩界」。以新世界創生的理念 —— 真理為主張的人們為中心，信念之間的戰爭變得白熱化。過去認識的人們，變成了主張「真理」的非人之人。接觸過各種不同「真理」的主角（你），最後會選擇「什麼樣的世界」呢？這點就有待玩家在遊戲上市後找出自己的解答了。
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