戰鬥是活下去唯㇐的路,宇宙世紀 0079 年,距離地球最遙遠的宇宙殖民地:SIDE-3 以吉翁公國之名,向地球聯邦政府發起了戰爭。居住在 SIDE-7 的少年「阿姆羅‧雷」,在吉翁軍的偵察任務中,偶然啟動了 MS「RX-78-2 鋼彈」,並擊毀兩台 MS「MS-06F 薩克」。之後阿姆羅和難民們搭上了聯邦軍新開發的宇宙戰艦「白色基地」,㇐邊躲避吉翁軍的追擊,㇐邊繼續著旅程。在紅色彗星「夏亞‧阿茲納布爾」的攻擊下,許多人失去了生命。但只要還活著,阿姆羅就必須駕駛鋼彈不斷的戰鬥下去……
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機動戰士鋼彈劇場版》為電視動畫第 1~13 話的內容加以改編及部分畫面重繪,《II 哀戰士篇》與《III 宇宙相逢篇》則分別為第 16~31 話和 31~43 話的內容。