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少女交響詩:Ec ~新世界少女組曲~》故事描述研究音樂超常之力的科學技術階級「文明公會」企圖濫用音樂超常之力,進而與愛好音樂的演奏家、音樂精靈的「音樂院」開始彼此爭奪世界的和諧之音。玩家在遊戲中就要扮演這名「音樂院」的指揮家,率領少女樂團展開取回音樂的冒險旅程。
在「和音域」這個世界,「音樂」擁有超常的力量,為人們的生活帶來豐饒的恩惠。然而隨著時間推進,意圖獨佔音樂之力的人的出現,使得世界陷入絕望,失去了音樂的祝福……
被寄託了希望的「演奏家」與寄宿在樂器中的「 音靈」們,以及身為指揮家的玩家,投入於戰鬥及演奏中。為了為世界奪回「音樂」——
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遊戲中玩家將創建屬於自己的樂團「作戰部隊・管弦樂隊」,前線作戰的為「作戰部隊」,「管弦樂隊」則在後方支援,玩家將可透過自由組隊、強化喜歡的樂團成員來組成對強樂團。玩家可以運用樂團成員固有的強大技能「音樂魔法」和管弦樂隊的支援攻擊「黃金旋律」帶領樂團取得勝利,同時還加入全自動遊玩設計。
另外,遊戲中玩家還可以加深與樂團成員的羈絆,提高樂團成員的好感度可解鎖插曲劇情和語音,且所有樂團成員都有專用的插曲劇情。