日本電腦娛樂供應商協會（CESA）於 9 月 22 日發表 2006 年日本遊戲大獎的「年度作品部門」與「獨立製作部門」的得獎名單，並於同日開幕的 2006 年東京電玩展現場舞台活動區舉行頒獎典禮。
日本遊戲大獎由 CESA 所主辦，原稱「CESA 遊戲大獎（CESA Game Awards）」，今年 4 月正式改名為「日本遊戲大獎（Japan Game Awards）」，並將時間提前到與東京電玩展同步舉辦頒獎典禮。
日本遊戲大獎的「年度作品部門」與「獨立製作部門」是透過透過網路、郵件與手機等方式，由日本地區的玩家針對期間內（本屆為 2005 年 4 月 1 日起至 2006 年 3 月 31 日）當地發行的各款遊戲進行分項評選，並由選考委員會選出年度代表作頒給大獎的殊榮。而「未來部門」則是由東京電玩展參訪者針對參與展出的未上市遊戲進行現場投票，再由選考委員會從票選出的名單中選出代表性作品。
◆ 年度作品部門 任天堂是最大贏家
年度作品部門獎分為大獎、優秀獎、最佳銷售獎、全球獎與特別獎等項目。大獎由 NDS 的《腦力鍛鍊》以及 PS2 的《Final Fantasy XII》獲得，前者以創新的活化腦力為出發點，開拓了嶄新的市場，在中高年齡層的消費者間造成一股旋風；後者則是以系列作最佳的畫面表現、壯大的世界觀、卓越的故事、無接縫式的戰鬥系統與音樂等各方面的高完成度，在玩家票選中獲得壓倒性的得票數與高評價。
優秀獎分別由 NDS《歡迎光臨 動物之森》、《電子雞的小商店》、《任天狗》、《瑪利歐賽車 DS》、PS2《王國之心》、《時空幻境 深淵傳奇》、《魔物獵人 2》、《人中之龍》、《汪達與巨像》等 9 款遊戲獲得。最佳銷售獎由統計期間內賣出 251 萬套的 NDS《歡迎光臨 動物之森》獲得。全球獎日本作品部門由 NDS《任天狗》獲得，全球獎海外作品部門由 PC《魔獸世界》獲得。
特別獎則是由 NDS《DS 英語能力訓練》與 PSP《魔物獵人 攜帶版 2nd》獲得。在 16 個得獎名額中，任天堂就佔了 7 個，是所有獲獎廠商之最，其次則為 SQUARE ENIX、CAPCOM、BANDAI NAMCO 的 2 個並列第 2 名。如以平台區分，則以 NDS 的 8 個最多，其次是 PS2 的 6 個、PC 與 PSP 各 1 個。
◆ 獨立製作部門 個人創作者各展創意
獨立製作部門是針對由個人製作者主動投稿的未商品化遊戲來進行評選分為大獎與優秀獎，大獎由九州大學大學院系統資訊科學府的 Jolly9 所製作的手機遊戲《5 秒間的河童》獲得，獎金 50 萬日圓；優秀獎則分別由 PC《Cell_麻將》、NGC《Blow Wind》與 PC《摩艾之巢》獲得，獎金各 5 萬日圓。
◆ 未來部門期待遊戲榜 PS3 備受矚目
CESA 並於 9 月 24 日東京電玩展閉幕後，公布了未來部門的現場票選結果，本次共有 11 款遊戲獲選為本屆東京電玩展中最受期待遊戲，包括 PS3《跑車浪漫旅 HD》、《審判之眼》、《天堂之劍》、Xbox 360《藍龍》、《失落的星球：極限狀態》，PS2《聖劍傳說 4》、《時空幻境 命運傳奇》、PSP《潛龍諜影 攜帶行動》、《魔物獵人 攜帶版 2nd》、Wii《能源小精靈》、NDS《逆轉裁判 4》等。
本屆展出中最具話題性的 PS3，本次共有 3 款由本家 SCE 製作的遊戲獲選，是獲選遊戲最多的平台；而以量少質精方式參展的 CAPCOM，主攤位 4 款遊戲就有 3 款獲選，與 SCE 並列為獲選遊戲最多的廠商；任天堂 Wii 主機雖然沒有參展，但是 KONAMI 的《能源小精靈》仍以專人示範方式獲得參訪者的青睞而獲選；微軟針對日本特別打造、現場反應熱烈的 Xbox 360《藍龍》，也如預期般獲選。
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