在一年戰爭末期，呈現敗象的吉翁軍紛紛從地球戰線撤退，然而卻有一小支的精銳在上級授命下，悄然的逼近聯邦軍的北極基地：「目標聯邦新型 MS；鋼彈 NT-1，俘獲或摧毀。」
吉翁特務部隊「獨眼巨人」一路追擊至 SIDE-6 殖民地，在這處大戰中唯一的中立地帶裡，正當人們要歡天喜地迎接宇宙世紀 0080 年的到來之際，一名孩童親眼目睹了一場改變他一生的「口袋裡的戰爭」……
原作中，故事發生時間點正值耶誕夜前夕，因此官方配合這十分重要的一刻，決定將動畫於日本耶誕夜期間，以「耶誕作戰上映會」的形式上映。這次的活動同時也作為 EMOTION 40 週年紀念企劃的一環，屆時入場者將可獲得 EMOTION 閃亮亮貼紙。
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