《
EVA 戰略拼圖：使徒殲滅作戰》是採益智消去類型的表現方式呈現遊戲內容，玩家將在遊戲中扮演真嗣、凌波零、明日香等等熟悉的角色，駕駛座機迎擊進犯的使徒，並透過消去畫面中圖騰方塊的方式累積積分而對敵人發動攻擊。
遊戲的消去玩法稍嫌複雜了一些，基礎概念還是以三個相同圖騰為單位相連成直線後發動消除效果，但與熟悉的《寶石方塊》以對調寶石的操作形式稍微不同，玩家是以點擊左右螢幕轉動畫面上指定橫列圖騰的方式進行操控，每次成功消去圖騰左下角出擊的 EVA 就會對敵人發動襲擊並減去對方一定的生命值，只要能順利將畫面右上角的使徒血量完全歸零就算勝利，反之若在消滅敵人之前，畫面中圖騰先推疊超過最上方底線就是玩家的失敗。
由簡單到困難，玩家可以依照自己程度自由選擇遊戲的難易度，不過一開始玩家能挑戰的難度只到「普通」，出擊的角色亦僅限於真嗣的初號機，但藉著突破一定的積分限制之後就能啟動零號機、貳號機甚至是真希波‧瑪莉駕駛的伍號機等，然後也就能挑戰更高等級的難度。
敵人的造型忠實呈現了動畫中使徒們的基本特徵，每打倒一隻使徒時，馬上就會有另外一個新的敵人替補「襲來」與玩家作戰，隨著時間的進行，畫面中圖騰堆疊的速度會越來越快，並以「敵人進化」的警語通知玩家，讓遊戲氣氛蠻是切合原作。闖關流程亦支援連擊加分效果，只要玩家消去圖騰時能達成三連擊以上的連續消除就能發動特攻，畫面中也會輔以駕駛員的特寫鏡頭，使攻擊本身更具魄力。
雖然就遊戲規格看來其實《
EVA 戰略拼圖：使徒殲滅作戰》的內容並不算厚實，只能算是一般單純的積分消除遊戲小品，但整體圖象情境的搭配、優質的人物插圖與畫質表現，仍使遊戲質感給人的印象出乎意外的細緻，喜歡原作的 EVA 迷們相信也會對這小品作的品質感到滿意。
目前台灣地區《
EVA 戰略拼圖：使徒殲滅作戰》在 App Store 已經跟進上架，售價為 90 元台幣。Android 的部份目前只有在日本地區開放下載。
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