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《星卡世界》的故事背景設定在500年後，在當時的世界上，人類已經進入了太空時代，但是人類遭受了嚴重的打擊，甚至已經威脅到了人類的生存。在這種情況下人類開始優化自身的基因。為了進一步教育新人類與掌握神奇的力量，星海學院建立。
星海時代60年，遊戲正式開場：在星海學院，一批13歲左右的孩子被集結起來，他們當中既有熱血少年，也有被X物質侵襲但仍保持人性的感染者；既有地球人的貴族後代，也有地球人和宇宙基因合成的新人類；既有阿格萊亞統治者後代的高等人，也有地下城出生的劣等人……外部面臨“X物質”控制的黑暗追殺勢力壓迫，內部面臨人種屬性的階級衝突和潛伏感染者的顛覆，整個世界觀表達的是一種絕望中的信仰堅持：在已經喪失信仰、面臨滅亡的最後時刻，人類將如何堅守最後的人性。在遊戲中玩家有三個學院可以選擇，每一個學院都有著自己的特色，玩家根據自己的喜好選擇不用的學院進行學習。
一些學生的基因，受到了來自X物質的調製，因此獲得了控制星塵強化自身的能力。他們能夠在體內凝聚星塵，並控制將一部分星塵分佈在身體某個部位。比如拳頭，來強化無堅不摧的進攻或滴水不漏的防禦；也能夠將一部分星塵分佈在與身體接觸的金屬上，比如用來強化盔甲和刀劍。用星塵強化的刀劍攻擊力超過鐳射劍的威力，能夠切開X物質。
龍皇院的學生在常規校服之外，會在關鍵的要害部位佩戴金屬護具。因為星塵力量只能對身體或者接觸到的金屬進行強化。
反復進行星塵凝聚會對身體和武器造成不可逆轉的改變。經常進行星塵覆著的武器和裝備，分子結構會逐漸被星塵和暗物質取代，最後結晶化。對於武器和裝備來說，這是一件好事，但對於身體來說，則會造成慢性損傷。擅於近身戰鬥。
一個特殊的基因讓一部分學生的體內生長出一個稱作“禦星體”的器官。他們雖然不能直接控制星塵，但能夠通過這個器官控制無所不在的暗物質，進而控制一些現實生活中的物質，比如水、金屬，等等。
這個分院的戰鬥技能看上去類似於古代的魔法，比如能夠操縱水形成冰柱。他們最常用的介質包括空氣、水、鋼鐵、電流，等等。由於是在太空船內，所以一般很少人會用火焰。
這個分院的學生並不控制星塵能量。他們體內的X基因十分活躍，幾乎要脫出他們的控制。他們能夠使用自己體內的X物質來同化並改造機甲。改造後的機甲就好像是他們身體的一部分，可以通過意念來進行操作。
具有X物質的新人類人數較少，因此這個分院裏還有另一類學生：非人類生物。它們是阿格萊亞的基因技術的產物。有些是通過以X物質調製古代地球生物形成的，有些則融入了從星際遺跡中找到的外星生物基因。利用X物質存在風險，可能會發生暴走。
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