《
水星領航員》故事描述，過去被稱為火星的星球「AQUA」，因為火星極冠部的冰融解的關係，星球九成以上地表被海覆蓋，因此成為大家所熟悉的「水星」。而在星球上，有著名為「領航員」的職業，藉由貢多拉帶領觀光客介紹城市。故事主角水無燈里為了成為領航員前往水星，並且進入了「ARIA 公司」展開實習。在那星球上，他碰見了許許多多的人物，並且展開了各式各樣的故事…
這次的劇場版故事中，新威尼斯的街道已被落葉染成秋天的顏色。有件事讓現在正在橘色行星實習的阿妮亞感到非常在意。那就是因為彼此都很忙碌、已經有段時間沒有見面的愛理須以及雅典娜。因此失去精神的雅典娜，愛理須卻不知道為什麼一直避著她？！為了解決這狀況，阿妮亞尋求小愛以及梓的幫助，共同探索著能讓兩人碰面的方法。
這次在《
水星領航員 The CREPUSCOLO》中新加入的角色愛列塔（アレッタ），將交由 安野希世乃負責詮釋演出。作為阿妮亞（茅野愛衣 飾）的青梅竹馬，同時也是一名追風送貨員（Sylph）的她，夢想著有一天能夠到比現在更高更遠的地方。
而安野希世乃除了飾演劇中角色外，這次劇場版的片頭曲「フェリチータ」以及片尾曲「echoes」都將由她負責演唱。
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