《
名偵探柯南 EPISODE”ONE” 變小的名偵探》故事將以原作第一話為起點,描述高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時,意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人,新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們,沒想到竟被灌下神秘毒藥 “APTX4869”。醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。查覺到自己可能捲入危機,他化名為“江戶川柯南”,一邊寄住在小蘭家中,技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件,並一直尋找著黑衣人的蹤跡,希望有朝一日將其繩之以法,並變回原來的樣子,一篇篇故事就這樣展開.....