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劇場版 艦隊 Collection》中，主角與動畫相同，為遊戲版初始角色之一的特型驅逐艦－吹雪。看似平凡卻擁有獨特魅力的吹雪，進入鎮守府後慢慢為該地帶來嶄新氛圍，從毫無作戰經驗到能夠有指揮作戰的能力，一步步帶領姊妹們與神祕敵人「深海棲艦」進行激烈戰鬥。電影中，除刺激精采的作戰場面外，吹雪與其他艦娘們的夥伴情誼也將在此細膩呈現，凸顯出姊妹們作戰之外，亦對彼此付出真心誠意的感人畫面。
本作主要在描繪唯一能對抗海洋敵人「深海棲艦」的艦娘們，經歷萬分煎熬終於贏得夜戰勝利；然而這場戰鬥之後，她們所面臨的戰爭卻越來越激烈，被深海包覆的艦娘也開始浮現。就在氣勢最高漲之時，突然獲告有重大異常的狀況正在目標海域發生。在那裡等待艦娘們的會是——？！
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