繼上一回初代九頭蛇組織（Hydra）的崛起後，這次將帶來至尊九頭蛇（Surpreme Hydra）沃夫甘・馮・史卓克侯爵（Baron Wolfgang Von Strucker）與其畢生大敵尼克・弗瑞（Nick J. Fury）的纏鬥、與美國隊長（Captain America）的衝突，以及在初次身亡後組織落入石化眼功變種人蛇妖（Gorgon）掌控之中利用手合會（The Hand）復甦死者部隊的歷史，讓我們將時間追溯到二次大戰的尾聲。
九頭蛇組織的現代史開始於戰爭英雄尼克・弗瑞被指派擔任其死敵神盾局（S.H.I.E.L.D.）指揮官，作為對九頭蛇組織恐怖網絡在全世界快速蔓延和其高科技武器日興月異的因應，尼克於烽火連天中承接了第一線的職位，在他的領導下神盾局隨即在無人知曉他們存在的暗影中與敵手正面衝突，他們阻止了一系列陰謀和大規模戰爭的發生，尼克和特工們一直都先九頭蛇組織一手。
就在這個九頭蛇組織士氣低迷之刻，一名龐大財團極端而雷厲風行的領袖阿諾・布朗（Arnold Brown）相信自己是九頭蛇組織的實質領袖與唯一救贖，九頭蛇組織利用這個機會開發了如β加速炸彈（Betatron Bomb）、過戮號角（Overkill Horn）等致命武器，但仍敗在神盾局的手裡，尼克再度證明自己不僅只於是九頭蛇組織的對手而是佔盡上風。布朗自己在這場動亂中喪命於一顆子彈，而扣動板機的是一名拒絕相信布朗是偉大並橫跨全球的九頭蛇組織幕後黑手的小兵。
九頭蛇組織千瘡百孔之際，史卓克侯爵再度在這個組織最黑暗的時刻重新奪回主導權，並在其手下創建了惡名昭彰的死亡孢子（Death-Spore）炸彈與日後將脫離九頭蛇組織獨立走向自己征服全球野心的科學家組織 A.I.M.。尼克・弗瑞再度於惡魔張牙舞爪之際出手了，從不相信九頭蛇組織表面上衰弱與離散的他將戰場帶到了史卓克家門口，並終結了侯爵的雄圖與性命，但這只是第一次而已。領袖的身亡使得寶座出現空缺，其他有力人士開始了自己的奪權之路，其中名喚九頭蛇女士（Madame Hydra）的女子崛起掌握所有支系，並透過挑戰美國隊長取得了龐大帝國的領袖一職。此時九頭蛇組織也吸收了女子潔西卡・德魯（Jessica Drew）加入他們的行列，並將其轉化為代號蜘蛛女（Spider-Woman）的刺客，然而在其刺殺尼克・福瑞的第一次任務卻最終讓她倒戈成為神盾局特工及超級英雌。
史卓克的靈魂即使身死仍以仿生複製人（Life Model Decoy）戴爾戴特（Deltite）在九頭蛇組織行走，這個奸險的機器人設下許多陰謀詭計推動九頭蛇組織摧毀神盾局，在兩個組織中種下猜忌的因子，甚至幾乎使雙方都陷入毀滅的業火之中。在仿生複製人被摧毀後，身心俱疲的尼克・福瑞解散了神盾局，而對九頭蛇組織而言他又再度陷入群龍無首的局面，但正是這種凋敝時代為創始人提供死而復生、將其導回魔鬼正途的契機。
備註：官方建議閱讀《奇異故事（STRANGE TALES）》第 135、141、146、156 回、《美國隊長（CAPTAIN AMERICA）》第 110 回、《漫威聚光燈（ MARVEL SPOTLIGHT ）》第 32 回、《尼克・福瑞大戰神盾局（NICK FURY VS. S.H.I.E.L.D.）》第 1 回。
隨著創始者身亡以及在數度敗北後權力中樞的空缺，九頭蛇組織在英雄世紀東山再起的任務落到了史卓克侯爵曾經的競爭敵手：紅骷髏（Johann Schmidt the Red Skull）肩上，紅骷髏忖度新近再度組建的神盾局是對九頭蛇組織擴張的挑戰，為了更加強組織的統合，科學家無日無夜、甚至犧牲自身性命的尋方設法將史卓克自彼世帶回並讓他擔任九頭蛇組織的臉目。即使侯爵的回歸帶來信念的重燃，九頭蛇組織仍不可避免地陷入分支之間的互相征伐，這一切都削弱了組織的力量並使回歸往日輝煌的希望更加渺茫。
就在此時，名為蛇妖的日本變種人現身於大眾眼前，並與史卓克的妻子艾絲佩絲（Elspeth）攜手治理九頭蛇組織，在他們手下不但達成和手合會結盟，更創造了史卓克的複製人來擔當組織的魁儡領袖；事實上，失勢的真史卓克蟄伏暗處等待再起之機，並與另一名敵手之子新任邪魔侯爵（Baron Helmut Zemo）結成同盟。在《內戰（Civil War）》時期九頭蛇組織掠奪了一架神盾局直升機想再度吸收曾經為其專業刺客的蜘蛛女，冀望她能回歸擔任組織的領袖，但最終這位復仇者堅守自己對神盾局的忠誠，並成功弄垮了九頭蛇組織建築和周邊區域。
史卓克自己則在《秘密入侵（Secret Invasion）》期間史庫魯星人（Skrulls）計畫統治地球，並征服九頭蛇組織為其效力時大戰這些擁有變形能力的外星人，隨著史庫魯星人在眾英雄協力下全面敗退，名為伍德華德（Woodward）的國會議員崛起取得九頭蛇組織的領袖地位，並命令代號硬漢（Hardball）的年輕英雄滲透新近集結的英雄們。硬漢最終起而抗命並殺死伍德華德來奪取九頭蛇組織控制權，但為時不久便垮臺了，九頭蛇組織又再度陷入混亂與分裂的局面，而組織的終極秘密則全然曝露給其最危險的對手之一尋找與探索。
下一回，將帶來九頭蛇組織權力空缺下群魔爭權的局面，以及這邪惡組織將帶來最深重的陰謀詭計，這次邪惡根源將來自他曾經最大的對手之一與眾英雄的精神指標：美國隊長。
備註：官方建議閱讀《金鋼狼（WOLVERINE）》第 25 回、《新雷霆小隊（NEW THUNDERBOLTS）》第 17 回、《秘密戰士（SECRET WARRIORS）》第 1、2 回、《內戰（CIVIL WAR）》第 1 至 7 回、《秘密入侵（SECRET INVASION）》第 1 至 8 回、《復仇者：起始殊異（ AVENGERS: THE INITIATIVE SPECIAL）》第 1 回 、《復仇者：起始（ AVENGERS: THE INITIATIVE）》第 24 回
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