本作並非玩家熟悉的射擊遊戲或是潛行類的遊戲，玩家必須透過角色收集來組織強力隊伍，進而擊倒眼前的敵人。玩家將可透過 Ubisoft 知名作品中的人物組織五人小隊，而每一位角色都有獨特的技能。
與大多 RPG 智慧型手機遊戲相似，在《
湯姆克蘭西：秘密計畫 Alpha》中玩家可以透過角色碎片提升星等，目前推測應該強化至五星。除此之外，玩家也可以利用裝備及武器的升級提升戰力。
當進入戰場進行戰鬥時，系統將會依照角色特性安排戰鬥位置，例如來自《
虹彩六號：圍攻行動》的吉勒斯．圖雷（Gilles Touré）代號「Montagne」，由於吉勒斯．圖雷是一位持盾的小隊攻堅者，因此他在戰場中的位置將在隊伍前方，為小隊抵擋大量傷害。玩家在進入關卡前也可以參考系統提供的團隊戰力，確保能否取勝。
而遊戲中除了 Campaign 模式之外，遊戲中還收錄了特種戰線（Spec Ops）模式，讓玩家收集特定裝備以及道具。如果是喜愛團隊作戰的玩家，遊戲中也提供了家族系統，讓玩家彼此之間可以集結互動。
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