遊戲劇情中，從 1.0 版本以傳奇 DJ - Æsir 引發的種種事件為首，一個又一個的謎團將透過神秘角色 Ivy 解開。玩家可以找出在「消失的演唱會」背後的真相，揭開 2.0 以前的故事謎團。
新角色 Ivy 介紹
N.A.700 年前夕，人們鼓舞歡慶，對新世紀的到來充滿期待。就在此時，充滿謎團的 Ivy 在封鎖區的叢林中醒來，發現世界與她熟悉的面貌已不相同。玩家即將跟隨 Ivy 的視角探尋真相、掌握故事輪廓，隱藏在歷史深處那段人們開創新世界的過往因緣，也將在本次更新中在玩家眼前完全攤開。
在新角色 Ivy 的故事篇章中，有少數關鍵檔案遭到加密。玩家可透過在遊戲進度中找尋線索，一一輸入正確密碼，即可解鎖故事內容及歌曲。官方暗示，密碼可能藏匿在節點都市 Node 08 的各個角落， 期待玩家仔細的搜索每個遊戲環節。
身為與 Cytus 一代緊密連結的關鍵角色，Ivy 的曲包中呈現出經典與蛻變並存的特色，營造出專屬於 Cytus 系列的獨特音樂遊戲體驗。
呼應 Ivy 承先啟後的角色特性，曲包中包含初代登場的多位作曲家推出多首全新樂曲。如 onoken（ani）的〈Alexandrite〉、sta 的〈99 Glooms〉和 switchworks 的〈Sentimental Journey〉，以及 Tatsh（Persona）的〈BloodyMare〉。同時也收錄去年底在「RayarkCon 2018」中，Cytus II TW Battle CHAOS 電競比賽的決賽曲〈V. 〉。
同時，《
Cytus II》更新為 2.0 版本後，「BACKUP_DATABASE」系統隨之開啟。玩家將可進入精神網路深處，重新體驗至今曾經歷過的重大劇情事件、影像或歌曲關卡，例如，知名實況主 NEKO 與近 8 萬名觀眾遭到惡意連線攻擊的事件。玩家可透過新系統，將有機會挖掘出更多潛伏於幽暗空間內的線索。
官方表示，透過本次更新，初代玩家將能重新體驗經典元素，新玩家也可以發現更多劇情進展，並跟著遊戲進程，持續追蹤謎團的解答。
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