本作故事描述，在第二次新吉翁戰爭（夏亞叛亂）結束後 12 年，時值 U.C.0105 年――即使經歷過理應能揭櫫人類與宇宙世紀未來的“阿克西斯震撼”，世界卻依舊處於混亂狀態中，不時會發生軍事衝突。地球聯邦政府也變得更為腐敗，高層不僅加速了汙染地球的狀況，甚至持續執行強制平民遷住太空的不人道政策「獵人頭」。
此時挺身對抗地球圈腐敗現況的，正是「馬法提・納比尤・艾林」這號人物所率領的反地球聯邦政府組織「馬法提」。雖然他們採取了接連暗殺地球聯邦政府高官的激進恐怖攻擊手段，在不滿聯邦政府的民眾中卻也獲得了一定程度支持。
那名自稱「馬法提」進行指揮的人物，其實是曾參與過一年戰爭的地球聯邦軍軍官布萊特・諾亞之子，亦即親自參與過阻止夏亞叛亂行動的哈薩威・諾亞。切身了解阿姆羅・雷、夏亞・阿茲納布爾雙方理念與理想的他，如今化身為繼承這兩人意志的戰士，策劃了藉由武力抗爭開拓未來道路的行動。然而與聯邦軍上校肯尼斯・史萊格以及神秘美少女琪琪・安達魯西亞的邂逅，大幅地改變了他的命運。
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