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寶石之國》故事發生在距今遙遠的未來，地球上僅剩下 28 個擁有寶石之身的人形生命體，以及統領著他們的「金剛老師」。28 個寶石各由不同成分的礦物所組成，也因此有不同的特質，除了物理上的身體硬度、韌性外，內在個性也截然不同。在他們身上，沒有所謂的性別，也沒有所謂的死亡，即使粉身碎骨，也還是有重組而「死而復生」的可能。
而為了抵抗欲將寶石帶回月球作為裝飾、日復一日前來侵襲的神祕種族「月人」，他們為彼此分配了不同的職責，並兩兩組成戰鬥小組，隨時備戰。但其中硬度低、韌性最為下級的「磷葉石」，由於太過軟弱，即使一心想要戰鬥，卻未被分配到任何職務，最後被金剛老師分配了「編寫博物誌」這個任務。不知從何做起的磷葉石，決定從找尋「尚未知曉」的事物開始，此時他被建議詢問從不在白天出沒、其他寶石也都知之甚少的「辰砂」：他擁有強大戰鬥實力，卻因會散發毒液而將自己禁閉於黑夜。在試著接近這個神祕同伴的過程，軟弱的磷葉石心中開始產生了變化，故事由此展開……
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