高達 635 米、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。柯南等人前來參加鈴木塔的開業儀式。但是，正當大家在觀景台上欣賞美景的時候，突然有一枚子彈破窗而入，擊中了一名男子的胸膛，柯南及毛利蘭和少年偵探團緊急追蹤，沿著彈道尋找犯人的蹤跡，他看到了一個黑色的影子像狙擊手，但這黑色的影子居然連警車都敢攻擊，後來就連 FBI 都捲入其中，但最後犯人還有狙擊事件之謎都消失在海中。
於是柯南和警察和 FBI 聯合起來調查此事，然後發現了海軍特種部隊「海豹部隊」的存在。其實這次的狙擊事件僅僅只是一個更大陰謀的「第一步」而已。與此同時，神秘的研究生沖矢昴也在幕後開始秘密行動起來……
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