本作的舞台是一個只有寶可夢的世界。身為人類的主角有一天突然變成了寶可夢，將和在森林中遇到的夥伴組成「救助隊」，前往拯救遇到困難的寶可夢。
玩家雖然擁有曾經是人類的記憶，但無論如何也無法回想起為何會變成寶可夢，以及來到這個世界的經過。在和夥伴一起作為救助隊行動的期間，玩家將會逐步找出自己變成寶可夢並來到這個世界的理由。
玩家和夥伴的冒險會在每次進入皆會改變地形的「不可思議迷宮」裡進行。「不可思議迷宮」並沒有既定的地圖，道具和樓梯的位置等也會在每次進入迷宮時產生變化。
以這個「不可思議迷宮」為舞台，和夥伴一起進行救助行動的同時，迷宮內也會出現對玩家進行攻擊的寶可夢，讓玩家身陷險境。在迷宮裡也會出現新的相遇，有機會遇上會與玩家成為夥伴，一同在迷宮內探索的寶可夢。
「不可思議迷宮」內的對戰都是以「回合制」進行。應該使用招式、應該移動，抑或是使用道具⋯⋯由於對戰是一個回合一個回合地進行，所以該採取什麼行動的判斷尤為重要。只要自己不行動，對手也不會有所動作，因此慎重地考慮後再行動吧！
本作也加入了《
神奇寶貝不可思議的迷宮 藍色救難隊／紅色救難隊》裡沒有的新元素。新加入的「自動移動」是能夠自動地探索迷宮的功能。即使是尚未習慣「不可思議迷宮」系列的玩家，也能輕鬆上手享受遊玩。也新增了很多其他便利功能，如自動選擇招式和自動存檔等。
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※以上為開發中畫面
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